A UTA pode ter diferentes tipos de unidades, sendo estas distinguidas pelos seus objetivos, estrutura, natureza e grau de autonomia. Podendo ser unidades orgânicas de ensino e de investigação; unidades orgânicas de investigação; unidades culturais; unidades de extensão e transferência tecnológica e unidades de serviços.

Para já, estão formalmente constituídas, através dos Estatutos da universidade, quatro unidades orgânicas de ensino e de investigação, estando já duas em funcionamento e duas em processo de constituição.
Estas unidades possuem autonomia científica, pedagógica e cultural, bem como marca própria, contribuindo para a realização dos objetivos estratégicos da UTA nas suas áreas de especialidade.